A maioria das cultivares de pimentas plantadas no Brasil como a '‘Malagueta’' (C. frutescens), 'Dedo-de-Moça' (C. baccatum), 'Cumari' (C. baccatum var. praetermissum), 'De Cheiro' e 'Bode' (C. chinense), são consideradas variedades botânicas ou grupos varietais, com características de frutos bem definidas. Normalmente, o produtor produz sua própria semente, e as diferenças existentes dentro destes grupos estão relacionadas às diferentes fontes de sementes utilizadas para o cultivo.

São poucos os programas nacionais de melhoramento de pimentas. Destes destaca-se o desenvolvimento de cultivares de pimenta doce para processamento industrial, como páprica doce e pimenta picante dos tipos 'Jalapeño' e 'Cayenne' para molhos líquidos, coordenado pela Embrapa Hortaliças. Os fatores que provavelmente restringem trabalhos de melhoramento com pimentas advém da dificuldade de se manusear as pequenas flores para a execução dos cruzamentos e multiplicação das sementes; a produção escassa de sementes por frutos, uma vez que estes normalmente são muito pequenos e ainda a picância extrema dos frutos, dificultando a extração das sementes. Outro fator importante é a área consideravelmente pequena de produção de pimentas, que implica no desinteresse das companhias de sementes de produzirem e comercializarem sementes.

Apesar do crescente interesse no cultivo pimentas, este ainda é feito por pequenos produtores que produzem suas próprias sementes ou compram frutos maduros em mercados e feiras e deles extraem as sementes que serão utilizadas para plantio. Normalmente estas sementes são de qualidade variável, apresentam baixa germinação e podem transmitir doenças, já que são obtidas sem seguir regras básicas para a produção de sementes. Na maioria das áreas cultivadas com pimentas, as plantas apresentam sintomas de mancha-bacteriana (Xanthomonas campestris pv. vesicatoria), doença transmitida a longas distâncias por meio de sementes.

Capsicum annuum é a espécie mais cultivada e inclui as variedades mais comuns deste gênero como pimentões e pimentas doces para páprica e consumo fresco e pimentas picantes como 'Jalapeño', 'Cayenne' entre outras, e ainda poucas cultivares ornamentais (Tabela 1). As pimentas dos tipos 'Jalapeño' e 'Cayenne' podem ser consumidas frescas, ou na forma de molhos líquidos (frutos maduros e vermelhos), desidratados na forma de flocos ou pó, ou ainda em conservas (verdes) e escabeches. Estas pimentas são cultivadas principalmente nos estados de São Paulo, Minas Gerais e Goiás.

Os tipos mais comuns e cultivados da espécie C. baccatum no Brasil são as pimentas 'Dedo-de-Moça', 'Chifre-de-Veado' e 'Cambuci' (também conhecida como 'Chapéu de Frade') (Tabela 1). Neste grupo de pimentas, a pungência dos frutos é menos intensa; há inclusive cultivares de pimenta 'Cambuci' que são doces. A pimenta 'Dedo-de-Moça' é cultivada principalmente nos estados de São Paulo e Rio Grande do Sul. Além de ser consumida fresca, em molhos e conservas, também é utilizada na fabricação de pimenta 'calabresa' (desidratada na forma de flocos com a semente). A pimenta 'Cumari' é bem popular na região Sudeste do Brasil e é encontrada também em estado silvestre, crescendo sob árvores diversas e em capoeiras. Normalmente as plantas são mantidas por alguns anos e chegam a formar verdadeiros arbustos. Os frutos desta pimenta são bem pequenos, arredondados ou ovalados, de coloração vermelha quando maduros.

C. chinense é a mais brasileira das espécies domesticadas e caracteriza-se pelo aroma acentuado dos seus frutos. Há tipos varietais desta espécie com frutos extremamente picantes, como a pimenta 'Habanero', muito popular no México. No Brasil, as mais conhecidas são as pimentas 'De Cheiro', 'Bode', 'Cumari do Pará', 'Murici', 'Murupi', entre outras. Há também, dentro da espécie, uma expressiva variabilidade de formatos e cores de frutos. A pimenta 'De Cheiro', que predomina no Norte do país, possui frutos de tom amarelo-leitoso, amarelo-claro, amarelo-forte, alaranjado, salmão, vermelho e até preto. A pungência também é variável, são encontrados frutos doces a muito picantes. Na região Centro-Oeste, é mais comum o cultivo da pimenta 'Bode', que tem frutos arredondados de cor amarela ou vermelha quando maduros, e da 'Cumari do Pará', que possui frutos ovalados de coloração amarela quando maduros. Ambas possuem pungência e aroma característicos que as distinguem das demais. A pimenta 'Murupi', cultivada nos estados do Amazonas e Pará, possui coloração amarela e o aroma das pimentas 'De Cheiro' e 'Bode'.

A espécie C. frutescens é representada pelo tipo de pimenta mais conhecido e consumido no Brasil, a pimenta '‘Malagueta’'. Plantada em todo o país, destacam-se os cultivos nos estados de Minas Gerais, Bahia e Ceará. Também pertence a esta espécie a pimenta 'Tabasco', conhecida mundialmente pelo molho de pimenta que leva seu nome. Estas pimentas são extremamente picantes, possuem frutos pequenos de formato alongado e de coloração vermelha quando maduros.

Existem no mercado algumas cultivares de pimenta sendo comercializadas, como ‘Agronômico 11’ (C. annuum), resultado de um programa de melhoramento desenvolvido pelo Instituto Agronômico de Campinas (IAC) visando resistência a viroses. Esta pimenta destina-se a consumidores que preferem frutos de pimenta doce no preparo de seus pratos.

Poucas companhias de sementes existentes no Brasil comercializam sementes de pimenta e aquelas que o fazem restringe-se a alguns tipos específicos, como cultivares de pimenta do tipo 'Jalapeño' (sementes importadas), 'Cambuci' ou 'Chapéu de Frade', '‘Malagueta’' e 'Dedo-de-Moça' (Tabela 1).